เมื่อวันที่ 10 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2552 นายสมชาย หอมลออ ประธานมูลนิธิผสานวัฒนธรรม ได้ยื่นหนังสือถึงพลโทพิเชษฐ วิสัยจร แม่ทัพภาคที่ 4 และในฐานะผู้อำนวยการกองกำลังรักษาความมั่นคงภายในภาค 4 เรียกร้องเรื่องการสร้างพื้นที่ประชาธิปไตยสู่สันติสุข ยุติการคุกคามนักสิทธิมนุษยชน ในฐานะองค์กรภาคประชาชนที่ทำงานด้านการส่งเสริมสิทธิมนุษยชน การเข้าถึงความยุติธรรมและการคุ้มครองทางกฎหมาย ขอแสดงความห่วงใยถึงผลกระทบที่อาจเกิดจากการปฏิบัติงานด้านการรักษาความปลอดภัยและด้านการป้องปรามเหตุร้ายในสถานการณ์ความขัดแย้งที่เกิดขึ้นในสามจังหวัดภาคใต้ โดยได้นำเสนอประเด็นต่าง ๆดังนี้

1. การตรวจค้นสำนักงานของคณะทำงานยุติธรรมเพื่อสันติภาพ ที่เกิดขึ้นต่อจากการออกข่าวของ กอ.รมน. ภาค 4 ที่ออกข่าวว่า "กลุ่มผู้ก่อความไม่สงบใช้คราบของการเป็นนักสิทธิมนุษยชนเพื่อยุยงให้ประชาชนเกลียดชังเจ้าหน้าที่รัฐ" (The Internal Security Operations Command Region 4 has warned that southern rebels may disguise themselves as rights activists to incite hatred among local residents against government officials) ปรากฎในหนังสือพิมพ์บางกอกโพสต์ ฉบับวันที่ 7 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2552 ซึ่งเป็นการกล่าวหาที่ยังปราศจากหลักฐานยืนยัน การออกข่าวในลักษณะดังกล่าวอาจทำให้สาธารณะชนเข้าใจได้ว่า งานด้านสิทธิมนุษยชนและงานนักต่อสู้เพื่อสิทธิมนุษยชนดำเนินการที่เป็นปฏิปักษ์ต่อรัฐ และสร้างความขัดแย้งระหว่างเจ้าหน้าที่รัฐและผู้ที่ทำงานด้านสิทธิมนุษยชน

2. ในการทำงานในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ กลุ่มองค์กรสิทธิมนุษยชน ได้แจ้งให้ทางราชการทราบอยู่ตลอดเวลาถึงกิจกรรมที่ได้ดำเนินการเพื่อให้เกิดความโปร่งใส และตรวจสอบได้ ทั้งมีการประชุมเจรจาเพื่อเสนอแนะข้อคิดเห็นกับเจ้าหน้าที่ระดับสูงของทางราชการตลอดมา รวมทั้งการสานเสวนาเมื่อวันที่ 4 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2552  ที่คุณอังคณา นีละไพจิตร ประธานคณะทำงานยุติธรรมเพื่อสันติภาพร่วมอยู่ด้วย  ดังนั้นหากมีกรณีดังที่ กอ.รมน.ภาค 4 สน. ออกข่าว ก็ควรต้องหยิบยกขึ้นมาหารือกันเสียก่อนแทนที่จะให้ข่าวออกไป และตามด้วยการส่งกำลังทหารเข้าค้นสำนักงานของคณะทำงานฯ ซึ่งการดำเนินการดังกล่าวของทางหน่วยงานความมั่นคงฯ อาจทำให้เข้าใจได้ว่า ทางกอ.รมน.ภาค 4 สน. ต้องการข่มขู่คุกคามนักสิทธิมนุษยชน

3. หน่วยงานความมั่นคงฯ และหน่วยงานบังคับใช้กฎหมาย ซึ่งรวมทั้งหน่วยงานตำรวจและทหารต้องเข้าใจว่าการที่เยาวชน นักเรียน นักศึกษาในพื้นที่หันมาสนใจเรื่องสิทธิมนุษยชนและประชาธิปไตยนั้นเป็นสิ่งที่ดี  รัฐจึงควรเปิดพื้นที่ประชาธิปไตยเพิ่มขึ้นให้กับประชาชนในพื้นที่ความขัดแย้ง โดยส่งเสริมให้ประชาชนสามารถดำรงไว้ซึ่งสิทธิเสรีภาพและการแสดงออกทางความคิดเห็นตามสมควร รวมถึงการเข้าถึงความยุติธรรม ดังนั้นการรวมกลุ่มของบุคคลหรือกลุ่มบุคคลในการทำหน้าที่ปกป้องคุ้มครองสิทธิมนุษยชนและเป็นตัวแทนของประชาชนในการสะท้อนปัญหาที่ผู้ได้รับผลกระทบจากนโยบายการปราบปรามการก่อความไม่สงบที่เกิดขึ้นจึงควรได้รับการเคารพ ปกป้อง คุ้มครองจากทุกภาคส่วน การที่เจ้าหน้าที่รัฐมองนักสิทธิมนุษยชนด้วยสายตาที่ระแวงสงสัยเป็นอันตรายอย่างยิ่งต่อการสร้างสันติสุขในสามจังหวัดชายแดนภาคใต้

4. ขอให้ทางกองกำลังรักษาความมั่นคงภายในภาค 4 เผยแพร่อย่างเป็นทางการ เรื่องความรู้ความเข้าใจเกี่ยวกับงานด้านสิทธิมนุษยชน งานด้านการส่งเสริมการเข้าถึงความยุติธรรม และงานด้านการคุ้มครองทางกฎหมายให้ผู้ได้รับผลกระทบจากนโยบายการปราบปรามการก่อความไม่สงบที่เกิดขึ้นแก่หน่วยงานในการควบคุมดูแลของกอรมน.ภาค 4 สน. ทั้งหน่วยทหาร ทหารพราน ตำรวจ เจ้าหน้าที่อาสาสมัคร เจ้าหน้าที่ฝ่ายข่าว และทุกภาคส่วนเกี่ยวข้องกับการนำนโยบายสู่การปฏิบัติต่อประชาชนในสามจังหวัด โดยจัดเป็นเอกสารเผยแพร่อย่างเป็นทางการสำหรับทุกหน่วยปฏิบัติงานในพื้นที่ เพื่อสร้างความเข้าใจตามแนวทางที่เผยแพร่ไปแล้วนั้นในเอกสาร กอ.รมน.ภาค 4 สน. ลงวันที่ 9 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2552 "ชี้แจงกรณีที่คณะทำงานเพื่อสันติภาพ Working Group on Justice for Peace  ออกแถลงข่าวเรื่องขอให้ยุติการคุกคาม และเคารพการทำงานของนักสิทธิมนุษยชน"

5.ขอให้หน่วยงานภาคประชาชนในพื้นที่สามจังหวัดร่วมกันสร้างความเชื่อมั่นต่อการทำงานของตน องค์กรหรือกลุ่มด้วยการเผยแพร่วัตถุประสงค์การทำงาน ลักษณะกิจกรรมที่ต้องไม่ส่งเสริมให้เกิดการใช้ความรุนแรง รวมทั้งการคัดเลือกกลุ่มบุคคลที่เป็นตัวแทนขององค์กรควรมีระบบการคัดเลือกและการฝึกอบรมอย่างต่อเนื่องเพื่อให้เกิดการทำงานด้วยมาตรฐาน ความโปร่งใส และรวมทั้งมีการอบรมทำความเข้าใจแนวทางการปฏิบัติงานของเจ้าหน้าที่รัฐในส่วนที่เกี่ยวข้องกับพื้นที่และงานของตน เพื่อให้เกิดความความเข้าใจและประสานความร่วมมือของทุกภาคส่วนในการเสริมสร้างสันติสุขในจังหวัดชายแดนภาคใต้ ปราศจากอคติ ความไม่รู้ ซึ่งอาจเป็นช่องทางให้เกิดความเข้าใจผิดหรือผิดหลงที่อาจเกิดขึ้น

ทั้งนี้ทางมูลนิธิผสานวัฒนธรรมระบุว่า หวังว่าแนวทางดังกล่าวจะสามารถสร้างความไว้วางใจและการเคารพในบทบาทหน้าที่ของกันและกันในการทำงานท่ามกลางความขัดแย้งทางอาวุธและความขัดแย้งทางความคิดที่กำลังเกิดขึ้นในสามจังหวัดภาคใต้