จากกรณีที่กรีนพีซมีข้อพิพาทกับกรมวิชาการเกษตรฯ ที่อนุญาตให้บริษัทมอนซานโต้ (ไทยแลนด์)จำกัด นำเข้าเมล็ดพันธุ์ฝ้ายดัดแปลงพันธุกรรมเข้ามาปลูกทดสอบแบบแปลงเปิดในประเทศไทยครั้งแรก เมื่อปี 2538 ซึ่งตลอดเวลากรีนพีซพยายามยับยั้งการการทดลองพืชจีเอ็มโอในพื้นที่แปลงเปิดเนื่องจากเห็นว่าพืชจีเอ็มโอดังกล่าวจะทำให้เกิดผลกระทบด้านการปนเปื้อน โดยครั้งแรกที่พบการปนเปื้อนของฝ้ายจีเอ็มโอ (บีที) จังหวัดเลย ในปี 2542 ซึ่งกระทรวงเกษตรฯเอง ยอมรับว่าเกิดการปนเปื้อนจริง

หลังจากนั้นเรื่องราวเกี่ยวกับจีเอ็มโอก็หายไปนาน จนกระทั่งเป็นข่าวอีกครั้งในกรณีของ มะละกอจีเอ็มโอ เมื่อราวปี 2547 ตัวละครหลักคือ กรีนพีซ ซึ่งบุกแปลงทดลองมะละกอจีเอ็มโอของกรมวิชาการเกษตรจนเป็นข่าวดังเพื่อบอกว่ามะละกอจีเอ็มโอในแปลงนี้ได้หลุดรอดออกไปภายนอกและอาจผสมกับมะละกอทั่วไปกระทบต่อพันธุกรรมดั้งเดิม และด้วยความห่วงกังวลว่าเรายังไม่รู้ผลระยะยาวของอาหารที่ตัดต่อพันธุกรรม

กรณีนี้สู้กันยาวทั้งในทางการรณรงค์และคดีที่ขึ้นสู่ศาลปกครอง โดยกรีนพีซฟ้องร้องกรมวิชาการเกษตร กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ในข้อหาละเลยต่อหน้าที่ในการจัดการการปนเปื้อนมะละกอจีเอ็มโอ สายพันธุ์แขกดำท่าพระ จนปล่อยให้หลุดออกสู่นอกแปลงทดลองแบบเปิด

ศาลปกครองกลางมีคำพิพากษายกฟ้อง

จากนั้นกรีนพีซได้ยื่นอุทธณ์ต่อศาลปกครองสูงสุดเมื่อ 31 กรกฎาคม 2551 อีกครั้ง จนกระทั่ง 5 ปีกต่อมา เมื่อวันที่ 2 เมษายน 2556 ตุลาการผู้แถลงคดีได้ออกมาแถลงแนวทางคดีให้ยกฟ้อง ก่อนจะมีคำพิพากษาอีกครั้งในเร็ววันนี้

นายวรศักดิ อารีเปี่ยม ตุลาการผู้แถลงคดี ได้แถลงความเห็นในคดีดังกล่าวว่า จากข้อเท็จจริงที่รับฟังได้เห็นว่า กรมวิชาการเกษตรไม่ได้ละเลยต่อการปฏิบัติหน้าที่ในการจัดการมะละกอปนเปื้อนจีเอ็มโอ ซึ่งมีหลักฐานทางหนังสือและการแถลงทางวาจาที่ระบุว่าหลังจากพบการปนเปื้อนในพื้นที่ จ.นครสวรรค์ มหาสารคาม ยโสธร ก็มีการประกาศเขตควบคุมศัตรูพืช และใช้วิธีการทำลายโดยการฝังกลบ ซึ่งแม้จะไม่ใช่วิธีที่ถูกต้องที่สุดตามที่กลุ่มกรีนพีซร้องไว้ แต่ก็ยังมีการติดตามตรวจสอบปัญหาการปนเปื้อนอย่างต่อเนื่องตลอดปี 2547-2550 ในหลายพื้นที่ เช่น นครสวรรค์ นครนายก ชุมพร ระยอง ชัยภูมิ ขอนแก่น มหาสารคาม ระยอง เป็นต้น ส่วนกรณีที่กลุ่มกีรนพีซอ้างว่าพบการปนเปื้อนมะละกอจีเอ็มโอที่ จ.กาญจนบุรีในปี 2552 นั้นพบว่าเป็นมะละกอพันธุ์ฮาวาย ซึ่งเป็นคนละสายพันธุ์กับมะละกอที่กรมวิชาการเกษตรทดลองในแปลงเปิด จึงไม่สามารถใช้เป็นข้อเท็จจริงใหม่ จึงเห็นควรที่ศาลปกครองสูงสุดจะพิพากษายกฟ้อง

ด้านนางสาวณัฐวิภา อิ้งสกุล ผู้ประสานงานรณรงค์เกษตรกรรมยั่งยืน กรีนพีซ เอเชียตะวันออกเฉียงใต้ กล่าวว่า กรีนพีซไม่มีช่องทางในการดำเนินคดีเพิ่มเพราะว่าผลการตัดสินถึงศาลปกครองสูงสุดแล้ว อย่างไรก็ตาม สิ่งที่กรีนพีซจะทำต่อไปคือ นำไปเป็นบทเรียนให้กับสังคมและกรมวิชาการเกษตรเห็นว่าการทดลองจีเอ็มโอ ไม่สามารถหลีกเลี่ยงการปนเปื้อนได้ ทั้งยังทำให้เกิดผลกระทบด้านอื่นๆ ในเชิงสังคม เพราะพืชจีเอ็มโอมีสิทธิบัตรและผูกขาดการขายเมล็ดพันธุ์

ในทางนโยบายเกี่ยวกับจีเอ็มโอ ประเทศไทยยังอยู่ในขั้นอนุญาตให้ทดลองปลูกพืชจีเอ็มโอเท่านั้น ขณะที่ในมุมของผู้บริโภค กระทรวงสาธารณสุขได้ออกประกาศบังคับใช้กฎติดฉลากจีเอ็มโอเมื่อ 11 พ.ค.2546  อย่างไรก็ตาม ไทยเป็นหนึ่งในหลายประเทศทั่วโลกที่มีกฎติดฉลากอาหารจีเอ็มโอที่อ่อนแอ ขณะที่ประเทศในสหภาพยุโรปและญี่ปุ่นล้วนแต่ปฏิเสธอาหารจีเอ็มโอ

กฎติดฉลากที่บังคับใช้ในปัจจุบันกำหนดเงื่อนไขว่า ผลิตภัณฑ์ที่มีส่วนประกอบของถั่วเหลืองและข้าวโพดจีเอ็มโอใน 3 ส่วนประกอบหลักร้อยละ 5 ขึ้นไปเท่านั้นต้องติดฉลาก (หากมีถั่วเหลืองและข้าวโพดจีเอ็มโออยู่ในส่วนประกอบที่ 4, 5, 6 เกินร้อยละ 5 ไม่ต้องติดฉลาก) ส่วนพืชจีเอ็มโอชนิดอื่นๆ นอกเหนือจากนี้ ไม่อยู่ในข่ายที่ต้องติดฉลาก

ในส่วนของสถานการณ์การทดลองปลูกพืชจีเอ็มโอนนั้น กรีนพีซระบุว่า ตลอดเวลาที่กรีนพีซพยายามยับยั้งไม่ให้มีการทดลองพืชจีเอ็มโอ บริษัทมอนซานโต้ก็ยังคงเดินหน้าทำการทดลองพืชจีเอ็มโอแบบแปลงเปิดตลอดมา โดยเมื่อวันที่ 20 กุมภาพันธ์ 2556 มหาวิทยาลัยนเรศวร ร่วมมือกับบริษัทมอนซานโต้ (ไทยแลนด์) จำกัด เพื่อดำเนินโครงการวิจัย “ทดสอบข้าวโพดดัดแปลงพันธุกรรมสายพันธุ์ NK603 ในแปลงทดลองเปิด” อีกครั้งหนึ่ง โดยได้ยื่นเอกสารเพื่อขออนุญาตทดลองโครงการดังกล่าว อย่างไรก็ตามได้มีการจัดให้มีการรับฟังความเห็นจากประชาชนอย่างรวบรัดตัดตอนและขาดการมีส่วนร่วมอย่างแท้จริงจากผู้มีส่วนได้ส่วนเสีย

กรีนพีซจึงได้ยื่นหนังสือคัดค้านไปยังมหาวิทยาลัยนเรศวร และส่งสำเนาถึงบริษัท มอนซานโต้ (ไทยแลนด์) จำกัด เมื่อวันที่ 11 มีนาคม 2556 เพื่อแสดงจุดยืนคัดค้านและเรียกร้องให้ยุติความพยายามผลักดันให้เกิดโครงการวิจัยจีเอ็มโอดังกล่าวโดยทันทีด้วยเกรงว่าจะเกิดปัญหาการปนเปื้อนสู่ธรรมชาติอีก