พุทธะอิสระ แจ้งความเอาผิดมหาเถรสมาคม ละเว้นการปฏิบัติหน้าที่ กรณีเกี่ยวกับเรื่องการปล่อยปละละเลย ให้พระธัมมชโย เดินเรี่ยไรเงินไปทั่วประเทศ อวดอุตริ อ้างว่า สตีฟ จอบส์ ตายแล้วเกิดเป็นเทพบุตร ซึ่งเรื่องนี้พิสูจน์ไม่ได้ในข้อวิทยาศาสตร์ 

13 ก.พ. 2559 หลังจากเมื่อวันที่ 10 ก.พ. ที่ผ่านมา ที่ประชุมคณะกรรมการมหาเถรสมาคม(มส.) ได้เห็นชอบร่างหนังสือชี้แจงกรมสอบสวนคดีพิเศษ (ดีเอสไอ) กรณีการตอบสนองพระลิขิตของสมเด็จพระสังฆราช และข้อกล่าวหาคดียักยอกทรัพย์ของพระเทพญาณมุณี (พระธัมมชโย) เจ้าอาวาสวัดพระธรรมกาย โดยระบุว่า การดำเนินคดีทางสงฆ์ใช้กฎนิคหกรรมฉบับที่ 11 ตามพ.ร.บ.คณะสงฆ์ พ.ศ.2505 แก้ไขเพิ่มเติม พ.ศ.2535 หากเปรียบในคดีทางโลกจะเริ่มต้นจากศาลชั้นต้น โดยมีเจ้าคณะจังหวัดปทุมธานี รองเจ้าคณะภาค และเจ้าคณะภาค ร่วมกันพิจารณา ซึ่งในช่วงปี 2542 ที่มีการยื่นฟ้องคดีทางสงฆ์กล่าวหาพระธัมมชโย ซึ่งขณะนั้นดำรงสมณศักดิ์ที่พระราชภาวนาวิสุทธิ์  ซึ่งคณะพิจารณาของศาลชั้นต้นทางสงฆ์ไม่รับคำร้องของผู้ยื่นฟ้องคดี 2 คน คือ นายสมพร เทพสิทธา และนายมาณพ พลไพรินทร์ เนื่องจากคำร้องไม่สมบูรณ์และศาลชั้นต้นทางสงฆ์ได้เปิดโอกาสให้ยื่นอุทธรณ์ภายใน 30 วัน แต่ผู้ยื่นฟ้องคดีไม่มายื่นและได้ถอนฟ้องไป 1 คน ทำให้การพิจารณาคดีในทางสงฆ์ต้องยุติลง และไม่มีการพิจารณาไปถึงกระบวนการที่ชี้ชัดว่า พระธัมมชโยอาบัติ ปาราชิก หรือไม่ ดังนั้น คดีจึงไปไม่ถึงขั้นการพิจารณาในชั้นศาลอุทธรณ์ทางสงฆ์ คือ เจ้าคณะใหญ่หนกลาง และไม่ถึงขั้นศาลฎีกาทางสงฆ์ คือ มส. (อ่านรายละเอียด)

จากนั้น วันที ่12 ก.พ. 59 ไทยรัฐออนไลน์ รายงานว่า ที่ สภ.เมืองนครปฐม พระสุวิทย์ ธีรธมฺโม หรือ หลวงปู่พุทธะอิสระ วัดอ้อน้อย ต.ห้วยขวาง อ.กำแพงแสน จ.นครปฐม เดินทางเข้าพบ พล.ต.ต.กฤษณะ ทรัพย์เดช ผบก.ภ.จว.นครปฐม เพื่อแจ้งความดำเนินคดีต่อ มหาเถรสมาคม ในข้อหาละเว้นการปฏิบัติหน้าที่ ปฏิบัติหน้าที่โดยมิชอบ และผิดจรรยาพระสังฆาธิการ ฝ่าฝืนอำนาจมหาเถรสมาคม และไม่ปฏิบัติตามพระราชบัญญัติ ซึ่งมีหลายมาตรา กรณีเกี่ยวกับเรื่องการปล่อยปละละเลย ให้พระธัมมชโย เดินเรี่ยไรเงินไปทั่วประเทศ ทั้งที่มีกฎหมายกำหนดไว้ว่า ห้ามสงฆ์ออกเรี่ยไรเงินนอกพื้นที่ของตน ปล่อยให้ธรรมกายยักยอกทรัพย์ของสหกรณ์เครดิตยูเนี่ยน ทำให้มีผู้ได้รับความเดือดร้อนหลายราย แต่ก็ไม่เคยสอบข้อเท็จจริง