เมื่อเวลา 13.00 น. วันที่ 1 กรกฎาคม 2548 ที่โรงแรมซี.เอส.ปัตตานี มีการประชุมคณะอนุกรรมการเฉพาะกิจเพื่อประสานงานการติดตามผู้สูญหายและเยียวยาผู้ได้รับผลกระทบจากเหตุการณ์ความไม่สงบในจังหวัดชายแดนภาคใต้เฉพาะกรณี ในคณะกรรมการนโยบายและอำนวยการเยียวยาผู้ได้รับผลกระทบสืบเนื่องจากสถานการณ์ความไม่สงบในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ มีนางจิราพร บุนนาค รองเลขาธิการสภาความมั่นคงแห่งชาติ เป็นประธานการประชุม โดยการประชุมครั้งนี้ ได้เชิญตัวแทนองค์กรพัฒนาเอกชนใน 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้เข้าร่วมด้วย

ที่ประชุมได้หารือถึงแนวทางการรวบรวมข้อมูลผู้สูญหายในจังหวัดชายแดนภาคใต้ เนื่องจากหน่วยงานราชการใน 3 จังหวัดภาคใต้ มีข้อมูลน้อยมากจึงจะรวบรวมจากองค์กรพัฒนาเอกชนในพื้นที่ จากกลุ่มนักศึกษาที่กำลังรวบรวมข้อมูลนักศึกษาสูญหาย และจากหน่วยงานที่ประชาชนในพื้นที่ไว้วางใจ เช่น สำนักงานคณะกรรมการอิสลามประจำจังหวัด เป็นต้น

ผู้เข้าร่วมประชุมแสดงความเห็นว่า ถึงแม้แนวโน้มจะมีผู้สูญหายจำนวนมาก แต่ขณะนี้ประชาชนในพื้นที่ไม่มั่นใจหน่วยงานรัฐในพื้นที่ว่า จะช่วยตามหาญาติที่สูญหายได้ เพราะฉะนั้นรัฐจะต้องทำให้คดีการหายตัวของนายสมชาย นีละไพจิตร ประธานชมรมนักฎหมายมุสลิมคลี่คลายออกมาให้เป็นที่ประจักษ์ จึงจะทำให้ญาติผู้สูญหายสบายใจ มีความหวังว่าจะสามารถติดตามญาติที่สูญหายได้มากขึ้น

นอกจากนี้ ที่ประชุมยังมีการเสนอข้อมูลผู้สูญหาย ซึ่งญาติได้แจ้งไว้ที่สำนักงานคณะกรรมการอิสลามประจำจังหวัดนราธิวาส 13 คน แต่ยังไม่ได้ข้อสรุป เนื่องจากทั้ง 13 คน อาจเป็นบุคคลเดียวกับผู้เสียชีวิตจากการขนย้ายผู้ชุมนุม จากหน้าสถานีตำรวจภูธรอำเภตากใบ จังหวัดนราธิวาส ไปยังค่ายอิงคยุทธบริหาร
จังหวัดปัตตานี เมื่อวันที่ 25 ตุลาคม 2547 ที่ยังไม่มีญาติมายืนยัน 12 ศพ จึงต้องรอผลการพิสูจน์ก่อน

ขณะที่สมาคมยุวมุสลิมแห่งประเทศไทยได้รวบรวมข้อมูลผู้สูญหาย ที่จังหวัดยะลาได้อีก 6 คน แต่ยืนยันไม่ได้ว่า สูญหายก่อนหรือหลังวันที่ 4 มกราคม 2547 ที่ประชุมจึงยังไม่ได้ข้อสรุปว่า จะตามหาผู้สูญหาย ตั้งแต่ช่วงก่อนหรือหลังวันที่ 4 มกราคม 2547 และจะหารือกรณีนี้อีกครั้งในการประชุมคณะทำงานฯ คราวต่อไป

ต่อมา เวลา 13.30 วันเดียวกัน ที่สภาความมั่นคงแห่งชาติ มีการประชุมคณะทำงานดำเนินการกระบวนการยุติธรรมตามหลักนิติธรรม ในคณะอนุกรรมการส่งเสริมความไว้วางใจความยุติธรรมและสิทธิมนุษยชน
ของคณะกรรมการอิสระเพื่อความสมานฉันท์แห่งชาติ มีนายพงษ์เทพ เทพกาญจนา กรรมการอิสระเพื่อความสมานฉันท์แห่งชาติ เป็นประธานการประชุม โดยมีผู้เข้าร่วมประชุมทั้งหมด 15 คน

ที่ประชุม มีความเห็นร่วมกันว่า เงื่อนไขสำคัญของปัญหาความไม่สงบใน 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ มาจาก 2 ประเด็นหลัก คือ กรณีทหารในพื้นที่ใช้กฎอัยการศึก นำผู้ต้องสงสัยไปควบคุมตัวเพื่อสอบปากคำที่ค่ายทหารเป็นเวลา 7 วัน ตามอำนาจภายใต้กฎอัยการศึก ขณะที่ตำรวจก็ออกหมายจับผู้ต้องสงสัยรายดังกล่าว
โดยไม่รอฟังผลการสอบปากคำของทหารว่า ผู้ต้องสงสัยรายนี้ มีส่วนเกี่ยวข้องกับการก่อความไม่สงบหรือไม่ เมื่อทหารปล่อยตัวผู้ต้องสงสัย หลังจากควบคุมครบ 7 วัน ตามอำนาจที่มีอยู่ ตำรวจจะถือโอกาสเข้าจับกุมผู้ต้องสงสัยนำตัวไปดำเนินคดีทันที

กรณีต่อมา คือ การประกันตัวผู้ต้องหา ที่พนักงานสอบสวนมักจะเขียนคำร้องต่อศาล คัดค้านการให้ประกันตัวผู้ต้องหาที่อยู่ในระหว่างการฝากขัง โดยใช้เหตุผลที่ดูแล้วน่ากลัว พยายามชี้ให้เห็นว่าเป็นคดีร้ายแรง
ส่งผลให้ศาลไม่อนุญาตให้ประกันตัว เมื่อคดีถึงชั้นอัยการ ก็จะมีการเขียนคำร้องคัดค้านการประกันตัวในลักษณะเดียวกัน ทั้งที่เป็นคดีไม่ร้ายแรง ซึ่งทั้ง 2 กรณี ไม่เป็นธรรมกับผู้ต้องหา

ที่ประชุมสรุปว่า จะจัดให้มีการประชุมกลุ่มปัญหา โดยแยกประเภทของเงื่อนไขที่เกิดขึ้นทั้งหมดว่า มีกรณีใดบ้าง โดยจะเชิญ ตำรวจ ทหาร ศาล และผู้ได้รับผลกระทบจากเหตุการณ์ไม่สงบในจังหวัดชายแดนภาคใต้ประมาณ 30 คน เข้าร่วมประชุม ในวันที่ 18 กรกฎาคม 2548 ที่กรุงเทพมหานคร และวันที่ 30 กรกฎาคม 2548 ที่อำเภอหาดใหญ่ จังหวัดสงขลา

นอกจากนี้ ในวันที่ 8 - 10 กรกฎคม 2548 คณะทำงานฯ จะเดินทางไปเก็บข้อมูลเพิ่มเติมใน 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ โดยคณะทำงานบางส่วนจะเข้าร่วมฟังการแถลงเปิดคดีและสืบพยานโจทก์คดีการชุมนุมที่หน้าสถานีตำรวจภูธรอำเภอตากใบ จังหวัดนราธิวาส ที่ศาลจังหวัดนราธิวาส ในวันที่ 8 กรกฎาคม 2548 ซึ่งมีชาวบ้านในอำเภอตากใบ เป็นจำเลย 59 คน