ตัวแทนศาลรัฐธรรมนูญได้อ่านคำวินิจฉัย เลขที่ 84/2547 ลงวันที่ 16 พ.ย. 2547 โดยมีเนื้อหาระบุว่า มาตรา 45 วรรค 4 ของ พ.ร.บ.จัดตั้งศาลปกครองไม่ขัดแย้งกับรัฐธรรมนูญแต่อย่างใดเพราะ การที่ผู้ฟ้องร้องชาวแม่เมาะต้องเสียค่าธรรมเนียมศาลในอัตราร้อยละ 2 ของทุนทรัพย์ เพราะเป็นคดีที่มีทุนทรัพย์ ซึ่งศาลต้องยึดระเบียบนี้เพื่อรักษาสภาพบังคับ และความเป็นธรรมของกฎหมาย

ส่วนการขอดำเนินคดีอย่างคนอนาถาโดยไม่ต้องเสียค่าธรรมเนียมให้ศาลนั้น ผู้แทนศาลรัฐธรรม
นูญชี้แจงว่า ช่องทางการขอดำเนินคดีอย่างคนอนาถาเป็นวิธีการพิจาณาคดีแพ่งโดยทั่วไป ซึ่งเป็นกฎหมายเอกชน แต่กฎหมายของศาลเป็นกฎหมายมหาชน จึงไม่ได้มีบทบัญญัติเรื่องการดำเนินคดีอนาถาไว้ จึงไม่ใช่การเลือกปฏิบัติอย่างไม่เป็นธรรม เนื่องจากความแตกต่างทางด้านฐานะทางเศรษฐกิจ ดังที่ผู้ร้องกล่าวอ้าง

และเมื่อวันที่ 8 ก.พ.2548 ได้มีการประกาศแก้ไขเพิ่มเติม พ.ร.บ.จัดตั้งศาลปกครองและวิธีพิจารณาปกครอง (ฉบับที่ 3) พ.ศ.2548 ให้ยกเลิกความในวรรคที่ 4 ของมาตรา 45 แห่ง พ.ร.บ.จัดตั้งศาลฯ พ.ศ.2542 โดยให้ใช้ความเนื้อความแทนว่า การฟ้องร้องคดีไม่ต้องเสียค่าธรรมเนียมศาล เว้นแต่การฟ้องคดีขอสั่งให้ใช้เงินหรือส่งมอบทรัพย์สิน โดยให้เสียค่าธรรมเนียมศาลตามทุนทรัพย์ตามอัตราที่ระบุไว้ในตารางท้ายประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความแพ่ง

นอกจากนี้ พ.ร.บ.จัดตั้งศาลปกครองฯ พ.ศ.2548 (ฉบับแก้ไข) ยังระบุให้เพิ่มข้อความในมาตรา 45 วรรค 4 ว่าหากคู่กรณียื่นคำขอต่อศาลว่าไม่มีทรัพย์สินเพียงพอที่จะเสียค่าธรรมเนียมศาล หรือสถานะของผู้ขอจะได้รับความเดือดร้อนหากไม่รับการยกเว้นการชำระค่าธรรมเนียมศาล ซึ่งถ้าศาลได้พิจารณาแล้วเห็นว่า มีเหตุผลอันสมควร ก็สามารถรับดำเนินคดีโดยยกเว้นค่าธรรมเนียมศาลทั้งหมด หรือบางส่วนก็ได้ ซึ่งมาตรานี้มีผลบังคับใช้กับย้อนหลัง และคดีที่ยังไม่ได้เสียค่าธรรมเนียมศาล