นายพิเชษฐ สถิรชวาล เลขาธิการคณะกรรมการกลางอิสลามแห่งประเทศไทย เปิดเผยว่า ในวันที่ 30 มกราคม 2550 ทางคณะกรรมการกลางอิสลามแห่งประเทศไทย จะเชิญตัวแทนสำนักงานคณะกรรมการอิสลามประจังหวัดๆ ละ 2 คน มาร่วมหารือเรื่องการแก้ไขพระราชบัญญัติการบริหารกิจการศาสนาอิสลาม พ.ศ. 2540 ว่า มีประเด็นไหนที่ควรแก้ไข เนื่องจากพระราชบัญญัติฉบับนี้ใช้มา 10 ปีแล้ว บางเรื่องอาจล้าสมัย

นายพิเชษฐ กล่าวว่า สำหรับตนต้องการให้แยกอำนาจ ระหว่างฝ่ายศาสนาที่มีจุฬาราชมนตรี มีฐานะเป็นประมุข กับฝ่ายบริหารที่มีคณะกรรมการกลางอิสลามแห่งประเทศไทยรับผิดชอบ ออกจากกันให้ชัดเจน เพราะกิจการบางอย่างไม่สมควรจะเป็นอำนาจหน้าที่ของจุฬาราชมนตรี เช่น กิจการฮาลาล หรือกิจการฮัจย์ ตนจึงสนับสนุนให้มีการแก้ไขพระราชบัญญัติฉบับนี้

นายพิเชษฐ เปิดเผยว่า ที่ผ่านมา นายสวาสดิ์ สุมาลยศักดิ์ จุฬาราชมนตรี ได้ใช้อำนาจในลักษณะที่ไม่เหมาะสม ก้าวก่ายการทำงานของคณะกรรมการกลางอิสลามแห่งประเทศไทย นึกอยากแต่งตั้งใครก็ตั้ง เช่น แต่งตั้งลูกชายเป็นผู้แทนไทยนำผู้แสวงบุญเดินทางไปทำพิธีฮัจย์ ที่ประเทศซาอุดีอาระเบีย ขณะที่กระทรวงวัฒนาธรรมเองไม่รู้เรื่อง คิดว่าเป็นการดำเนินการของประมุขศาสนาอิสลาม ก็ไม่ได้ทักท้วง ขณะที่คนรอบข้างก็ฉวยโอกาสจากความชราของจุฬาราชมนตรี แสวงหาผลประโยชน์เข้าตัว

"อำนาจจริงๆ ของจุฬาราชมนตรีมีไม่กี่อย่าง เช่น การกำหนดวันสำคัญทางศาสนา การวินิจฉัยปัญหาทางศาสนา เป็นต้น แต่จุฬาราชมนตรีก็ไม่ได้ทำหน้าที่ อย่างกรณีปัญหาความไม่สงบในจังหวัดชายแดนภาคใต้ มีหลายเรื่องที่ต้องวินิจฉัยในหลักการศาสนา ก็ไม่ได้วินิจฉัย หรือกรณีสลายการชุมนุมที่หน้าสถานีตำรวจภูธรอำเภอตากใบ ก็ไปวินิจฉัยว่าเจ้าหน้าที่ทำถูกต้องเสียอีก" นายพิเชษฐกล่าว

รายงานข่าวจากคณะกรรมการกลางอิสลามแห่งประเทศไทยแจ้งว่า ก่อนวันที่ 30 มกราคม 2550 จะมีการประชุมพิจารณาร่างพระราชบัญญัติองค์กรอิสลาม พ.ศ. ... อีกครั้งที่จังหวัดสงขลา เนื่องจากการประชุมพิจารณาร่างพระราชบัญญัติฉบับดังกล่าว เมื่อวันที่ 9 มกราคม 2550 ที่ผ่านมา ยังไม่ได้ข้อสรุป โดยเฉพาะประเด็นที่มาของคณะกรรมการอิสลามประจำจังหวัดว่า จะใช้วิธีการเลือกตั้งจากโต๊ะอิหม่ามประจำมัสยิด หรือใช้วิธีการสรรหา รวมทั้งที่มาของคณะกรรมการกลางอิสลามแห่งประเทศไทย ที่มีหน้าที่กำกับดูแล คณะกรรมการอิสลามประจำจังหวัด

สำหรับร่างพระราชบัญญัติฉบับดังกล่าว ซึ่งเสนอโดยนายนายนิเดร์ วาบา ที่ปรึกษานายกรัฐมนตรี ระบุให้ใช้วิธีการสรรหาแทนการเลือกตั้ง ในทุกระดับชั้น โดยโครงสร้างใหม่ขององค์การบริหารกิจการศาสนาอิสลามจะประกอบด้วย สภาซูรอ สำนักจุฬาราชมนตรี คณะกรรมการกลางอิสลามแห่งประเทศไทย และสำนักงานองค์การบริหารกิจการศาสนาอิสลามแห่งชาติ

ทั้งนี้ ผู้เสนอต่อที่ประชุมว่า ให้กำหนดจำนวนผู้ที่จะมาเป็นคณะกรรมการกลางอิสลามแห่งประเทศไทย ตามสัดส่วนของมัสยิด เนื่องจากตามพระราชบัญญัติการบริหารกิจการศาสนาอิสลาม พ.ศ. 2540 กำหนดให้แต่ละจังหวัดที่มีสำนักงานคณะกรรมการอิสลามประจำจังหวัดรวม 36 จังหวัดทั่วประเทศ เสนอผู้แทนจากคณะกรรมการอิสลามประจำจังหวัด มาดำรงตำแหน่งคณะกรรมการกลางอิสลามแห่งประเทศไทย จังหวัดละ 1 คน ซึ่งไม่เป็นธรรมกับจังหวัดที่มีมัสยิดจำนวนมาก

ยกตัวอย่าง เช่น จังหวัดสระบุรี มีมัสยิดจดทะเบียนเพียง 3 แห่ง ขณะที่จังหวัดปัตตานีมีมัสยิดจดทะเบียนกว่า 600 แห่ง แต่ทั้งสองจังหวัดเสนอผู้แทนมาเป็นคณะกรรมการกลางอิสลามแห่งประเทศไทยจังหวัดละ 1 คนเหมือนกัน เมื่อได้ผู้แทนมาแล้ว ก็ให้ใช้วิธีเลือกกันเองจนได้จำนวนที่เหมาะสมในการทำงาน

นอกจากนี้ร่างพระราชบัญญัติฉบับนี้ ยังเสนอให้ตั้งสภาชูรอ (สภาที่ปรึกษา) เพื่อคัดเลือกผู้ดำรงตำแหน่งจุฬาราชมนตรี และคณะกรรมการกลางอิสลามประจำจังหวัด โดยกำหนดให้สมาชิกสภาชูรอ มาจากการเสนอของคณะกรรมการอิสลามประจำจังหวัดทั้ง 36 จังหวัด 6 คน ผู้แทนจากโรงเรียนเอกชนสอนศาสนาอิสลาม 6 คน ผู้แทนจากสถาบันปอเนาะ 6 คน และผู้แทนดาโต๊ะยุติธรรม 2 คน ที่เหลือมาจากองค์กรอื่นๆ รวมทั้งหมด 27 คน ซึ่งประเด็นนี้มีผู้ไม่เห็นด้วย และเสนอให้คณะกรรมการอิสลามประจำจังหวัด ส่งผู้ตัวแทนเข้ามาเป็นสมาชิกสภาชูรอ ตามสัดส่วนของประชากรมุสลิมแต่ละจังหวัดเป็นหลัก เพราะไม่ว่าคนมุสลิมคนใดมีอาชีพหรือตำแหน่งใด ถือเป็นสับปบุรุษของมัสยิดอยู่แล้ว เมื่อได้มาแล้วก็ให้ใช้วิธีเลือกกันเองให้เหลือตามจำนวนที่กำหนด

นอกจากนี้สภาชูรอ ยังทำหน้าที่ในการคัดเลือกผู้ดำรงตำแหน่งกรรมการอิสลามประจำจังหวัดด้วย โดยให้โต๊ะอิหม่ามประจำมัสยิดเป็นผู้เลือกตั้งให้ได้สองเท่าของจำนวนกรรมการอิสลามประจำจังหวัดแต่ละจังหวัด เช่น จังหวัดปัตตานี กำหนดให้มีกรรมการอิสลามประจำจังหวัด 30 คน จึงให้โต๊ะอิหม่ามเลือกตั้งให้ได้ 60 คน จากนั้นก็ให้สภาชูรอคัดเลือกให้เหลือครึ่งหนึ่ง เพื่อแต่งตั้งเป็นคณะกรรมการอิสลามประจำจังหวัด

ประเด็น มีผู้ไม่เห็นด้วยที่จะให้สภาชูรอเป็นผู้คัดเลือกคณะกรรมการอิสลามประจำจังหวัด โดยให้เหตุผลว่า สภาชูรอไม่รู้จักกับผู้ที่ได้รับการเลือกตั้งมาจากทุกจังหวัด อาจทำให้ได้คนที่ไม่เหมาะสมเป็นคณะกรรมการอิสลามประจำจังหวัด โดยเสนอให้ผู้ที่ได้รับเลือกตั้งจากอิหม่ามประจำมัสยิด เป็นผู้คัดเลือกกันเอง จนได้ตามจำนวนที่ต้องการ

นอกจากนี้ ที่ประชุมยังได้เสนอให้ผู้ดำรงตำแหน่งจุฬาราชมนตรี มีอายุไม่เกิน 80 ปี เพื่อป้องกันไม่ให้เกิดความชราภาพ จนถึงขั้นหลงๆ ลืมๆ ก่อปัญหาจากการปฏิบัติหน้าที่ประมุขของศาสนา ในสภาพร่างกายไม่พร้อมปฏิบัติงาน

เนื่องจากประเด็นหลักๆ ที่ระบุไว้ในร่างพระราชบัญญัติ มีผู้เห็นแย้งในเกือบทุกประเด็น จึงส่งผลให้การประชุม เมื่อวันที่ 9 มกราคม 2549 ไม่สามารถหาข้อสรุปได้ ที่ประชุม จึงมอบหมายให้ทุกฝ่าย นำทุกประเด็นกลับไปพิจารณาในรายละเอียด โดยนัดประชุมเพื่อพิจารณากันอีกครั้ง ในช่วงปลายเดือนมกราคม 2549 โดยจะนำร่างพระราชบัญญัติเกี่ยวกับการบริหารกิจการศาสนาอิสลาม ฉบับที่ร่างโดยนายวินัย สะมะอูน และฉบับที่ร่างโดยนายสมัย เจริญช่าง มาพิจารณาควบคู่กันไปด้วย

สำหรับสาเหตุที่มีการเสนอให้มีการแก้ไขพระราชบัญญัติการบริหารกิจการศาสนาอิสลามพ.ศ. 2540 ที่ใช้อยู่ในปัจจุบัน เนื่องจากเกิดความแตกแยกออกเป็นสองฝ่ายในองค์กรมุสลิม คือ ฝ่ายจุฬาราชมนตรีกับฝ่ายคณะกรรมการกลางอิสลามแห่งประเทศไทย เนื่องจากพระราชบัญญัติฉบับปัจจุบัน กำหนดให้จุฬาราชมนตรีเป็นประธานคณะกรรมการกลางอิสลามแห่งประเทศไทย โดยตำแหน่ง ทำให้มีปัญหาการแทรกแซงการทำงานของฝ่ายบริหารจากฝ่ายศาสนา จนเกิดความขัดแย้งกันตลอดมา